デフォルトで、シェルは"-ex"オプションを付けて起動され、実行前に全てのコマンドが表示されます。 そして、0以外の終了コードで終了した場合、ビルドが失敗したと判断します。これを変更するには、#!/bin/...を追加します。
ベストプラクティスとして、ここに長いシェルを記述しようとはしないで、代わりに、 シェルスクリプトをSCMに追加して、Hudsonからそのシェルスクリプトを起動することを検討してください。 そうすれば、シェルスクリプトの変更も管理できます。