Если вы используете Hudson в локальной сети (или другом "защищенном" окружении), обычно не имеет смысла включать эту опцию, так что каждый разработчик может настраивать свои проекты не отвлекая админа.
Если вы открываете Hudson в Интернет, то вам обязательно нужно включить эту опцию. Hudson запускает различные процессы, поэтому незащищенный Hudson - легкий путь для хакера.
Для получения дополнительной информации о безопасности в Hudson, прочтите этот документ.