Projeyi yapılandırmak için shell scripti (varsayılan sh'dır, fakat değiştirilebilir) çalıştırır. Script, bulunduğu dizin, çalışma alanı olacak şekilde çalışır. Eğer shell scriptinizin başında #!/bin/sh satırı yoksa, sistem seviyesinde ayarlanan shell kullanılacaktır. Fakat yinede, başlık satırını, başka programlama dilinde shell yazmak (#!/bin/perl gibi) veya shell'in kullandıgı seçenekleri kontrol etmek için kullanabilirsiniz. Shell "-ex" seçeneği ile çağırılır. Böylece tüm komutlar çalışmadan önce ekrana yazılır ve komutlardan herhangi birisi, 0 olmayan bir çıkış kodu ile biterse yapılandırma başarısız olarak ilan edilir.